今はelinkの方で設定したあいさつメッセージと公式ラインアプリで設定したあいさつメッセージがどちらも表示されてしまっております。

回答

LINEオフィシャルアカウントマネージャーの「応答設定」であいさつメッセージをオフにすれば、LINEオフィシャルアカウントマネージャーのあいさつメッセージを流さないようにすることができます。