広告コードや代理店ごとに１通目に送るシナリオやメッセージの内容を変えることは可能でしょうか？

タグ登録メッセージを使えば、あいさつメッセージを出し分けることが可能です。また、広告コードで友だち追加時にタグを付与する設定にすれば、タグ起点ステップやタグ追従ステップを組むことが可能です。