botを追加していく場合、ライン公式アカウントのプロバイダー及びチャンネルは同じものを使ってもいいのでしょうか？ それともbotごとに全部バラバラにした方がいいのでしょうか？

テクニカルな面ではどちらも変わりはありませんので、運用面でのメリットデメリットを考えてお使いください。