elinkとの連携後にお友だちがアクション（スタンプ送信やメッセージ発信など）を行うと1：1に表示され連携されます。そのため連携前のお友だちは徐々にelink内に入ってきます。
お友だちにアクションをしてもらうように自動応答などを設定するのがお勧めです。
関連記事：elinkと連携前に獲得したお友だちは、elink連携後自動応答やリッチメニューは表示されますか？
elinkとLINE公式アカウントが連携していない期間に友達登録を行うと、LINE公式アカウント側だけに友だち登録されます。その後、elinkとLINE公式アカウントを連携後にその友だちが発言すると、elinkに登録されるため、連携後初めて発言した日の登録数が上がります。
ですので、連携したり、しなかったりの期間が存在すると、”elink上で連携していない日に友だち登録のカウントが上がっている”という現象が発生します。この仕様により、LINE公式アカウントの友だち登録数とelinkの友だち登録数は一致しません。
なお、上記の挙動は、↓画面の話となります。
※広告コード画面やQR単位の登録数は連携後に発言して登録数が上がるというような動きをしません。